声明

本文是学习GB-T 34794-2017 琼脂糖凝胶回收试剂盒测定通则. 而整理的学习笔记,分享出来希望更多人受益,如果存在侵权请及时联系我们

1 范围

本标准规定了柱式琼脂糖凝胶回收试剂盒的DNA 回收产物评估指标及测试方法。

本标准适用于柱式琼脂糖凝胶回收试剂盒的测定。

2 规范性引用文件

下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文

件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。

GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法

GB/T 11165 实验室 pH 计

GB/T 26813 双光束紫外可见分光光度计

JJG 646 移液器检定规程

YY/T 0087 电泳装置

YY/T 0657 医用离心机

3 术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1

DNA 纯化 DNA purification

采用适当方法降低可以观察到的或可测量到的连接、酶切、标记、扩增等抑制物的过程,为获得更高

纯度 DNA。

3.2

DNA 回收率 DNA recovery rate

即 DNA 回收得率, DNA 目的片段回收后与回收前的产量百分比。

3.3

最大上样量 column reservoir capacity

单个吸附柱的单次最大上样体积。

3.4

吸附柱的承载量 binding capacity

单个吸附柱每次最多可吸附 DNA 的量。其决定了单次回收的DNA 最大量。

4 原理

介质吸附法是一种常用的纯化核酸的方法。柱式回收试剂盒是将硅胶膜或其他吸附介质固定在离

心柱上作为吸附剂,在高盐(如3.0 mol/L~5.0 mol/L盐酸胍)低 pH(5.0
mol/L~6.5 mol/L)状态下,

GB/T 34794—2017

吸附柱专一性地吸附 DNA; 而在低盐(TE 或者2.5 mmol/L
Tris-HCl)或水溶液状态下,DNA 被洗脱

下来。

5 仪器和设备

5.1 离心机:转速10000 r/min 以上,应符合YY/T 0657 的要求。

5.2 水浴锅或金属浴:温度范围60℃~70℃。

5.3 电泳系统,应符合YY/T 0087 的要求。

5.4 凝胶成像系统。

5.5 可调移液器:0.5μL~10μL、10μL~100μL、100μL~1000μL、0.5 mL~5
mL,应符合JJG 646 的要求。

5.6 紫外分光光度计,应符合 GB/T 26813 的要求。

5.7 pH 计,应符合GB/T 11165 的要求。

5.8 天平:精度为0.1 mg。

5.9 刀片。

6 试剂

除非另有说明,在分析中仅使用分析纯试剂,水为GB/T
6682规定的一级水。所有试剂溶液(含水
溶液)宜大体积配制、小体积分装经高压灭菌后使用,不宜高压灭菌的试剂应用0.22
μm 膜过滤除菌;酶

溶液应避免反复冻融。

6.1 三羟甲基氨基甲烷 (Tris)。

6.2 盐酸 (Hydrochloric acid,HCl)。

6.3 氢氧化钠(Sodium hydroxide,NaOH)。

6.4 乙酸钠(sodium acetate,NaAc)溶液:3 mol/L,用乙酸调 pH 至5.2,0.22 μm
膜过滤。

6.5 乙二胺四乙酸二钠(ethylenediaminetetraacetic acid disodium
salt,Na₂EDTA,Ci₀H₁₄N₂O₈Na₂)。

6.6 无水乙醇(alcohol,C₂H₃OH),4℃ 保存及使用。

6.7 琼脂糖(Agarose,AG)。

6.8 核酸染剂(如 Gold View 等染料)。

6.9 上样缓冲液(Loading buffer)。

6.10 DNA 标准品(Hind Ⅲ 酶切的λDNA 产物)。

6.11 100倍电泳缓冲液溶液(TAE):4 mol/L Tris-HCl(pH8.0),2 mol/L
醋酸钠,200 mmol/L EDTA。 使用时稀释100倍。

6.12 TE 缓冲液(pH 8.0):10 mmol/L Tris-Cl,1 mmol/L EDTA,使用HCl 或 NaOH
调节 pH,4℃

保存备用。

7 试验方法

7.1 标准 DNA 溶液的配制

将不同的 DNA Fragment(10 bp~ 20000 bp)用 TE 缓冲液分别配制成1μg/μL 的
DNA 标准溶

液备用。

GB/T 34794—2017

7.1.1 DNA Fragment 1(片段范围为10 bp~100 bp,不含100 bp):20 bp(记为 DNA
1)、50 bp(记为 DNA 2)、80 bp(记为 DNA
3)或取均匀分布在范围内的任意其他3个不同大小的DNA 片段。

7.1.2 DNA Fragment 2(片段范围为100 bp~1000 bp,不含1000 bp):100
bp(记为 DNA 4) 、500 bp

(记为 DNA 5)、800 bp(记为 DNA
6)或取均匀分布在范围内的任意其他3个不同大小的DNA 片段。

7.1.3 DNA Fragment 3(长度范围为1000 bp~10000 bp,不含10000 bp):1000
bp(记为 DNA 7)、 2000 bp(记为DNA 8)、5000 bp(记为DNA 9)、8000 bp(记为
DNA 10)或取均匀分布在范围内的任

意其他4个不同大小的 DNA 片段。

7.1.4 DNA Fragment 4(长度范围为10000 bp~20000 bp,不含20000
bp):10000 bp(记为 DNA 11)、15000 bp(记为 DNA 12)、20000 bp(记为 DNA
13)或取均匀分布在范围内的任意其他3个不同 大小的 DNA 片段。

7.2 吸附柱的最大上样量

用移液枪向吸附柱中加入蒸馏水至刻度,记录加入的蒸馏水体积即为吸附柱的最大上样量。

7.3 吸附柱的承载量

将800 bp (或按照待测试剂盒说明中可回收片段的任意片段)DNA Fragment
溶液按照表1体系

混合 DNA 溶液与胶回收试剂盒的溶胶液后加入吸附柱。

1 吸附柱的承载量

试验项目

DNA溶液/μL

溶胶液/μL

DNA上样量/μg

试验I

5

95

5

试验Ⅱ

10

90

10

试验Ⅲ

15

85

15

试验IV

20

80

20

试验V

30

70

30

按照待检测的试剂说明书进行后续清洗、洗脱步骤,收集回收液,采用紫外分光光度计法,测定回
收的DNA 溶液在260nm 处的吸收值,利用A26=1 相当于50 μg/mL 的 DNA
来计算回收DNA 的浓 度,乘以回收液体积可得回收的DNA 总量,以DNA
上样量为横坐标绘制回收量曲线图,曲线上限即为

吸附柱的承载量。

7.4 DNA 回收产物的质量测定

7.4.1 纯度的测定

纯度按照以下步骤进行测定:

a)
根据试剂盒说明书,选取待测试剂盒可回收片段范围内的任意3个不同大小的
DNA 标准溶
液进行琼脂糖凝胶电泳(上样时确保避免损坏凝胶和样品无溢出)。电泳完成后在紫外凝胶成
像仪上观察DNA
条带的位置,分别用刀片切下各目的条带用于胶回收。回收步骤、操作流程
和试剂用量按照待测的胶回收试剂盒说明书进行。

b) 采用紫外分光光度计法,将试剂盒回收得到的DNA
溶液进行适当稀释,使样品溶液在260 nm
处的吸收值在0.1~0.5之间,以稀释液做参比,测定样品溶液在260 nm、280
nm、230 nm 处

GB/T 34794—2017

的吸收值,计算A/A₂,A/A₂3

的比值。

c) 重复测定3次,求得各平均比值。根据经验公式:A/A

可认为回收的 DNA 纯度合格。

在1.8±0. 1范围,A26/A23>1.7,

7.4.2 相对分子质量大小及完整性测定

在7.4.1 a) 电泳结束后,在凝胶成像系统上观察 DNA
条带相对分子质量大小及降解程度。

7.4.3 浓度的测定

符合纯度要求后,利用A26=1 相当于50μg/mL 的双链 DNA 来计算 DNA 的浓度。

7.5 回收率测定

7.5.1 不同长度片段的回收率测定

回收率按照以下步骤进行测定:

a) 按照7. 1配制 DNA Fragment 1,DNA Fragment 2,DNA Fragment 3,DNA
Fragment 4 标准 溶液,分别记为 DNA 1 、DNA 2 、DNA 3 、DNA 4 、DNA 5
、DNA 6 、DNA 7 、DNA 8 、DNA 9、 DNA 10 、DNA11 、DNA12
、DNA13。进行琼脂糖凝胶电泳(上样时确保避免损坏凝胶和样品
无溢出),同时用双蒸水进行空白对照记为 DNA0 。
电泳完成后在紫外凝胶成像仪上观察 DNA
条带的位置,分别用刀片切下各目的条带用于胶回收。回收步骤、操作流程和试剂用量
按照待测的胶回收试剂盒说明书进行。

b) 采用紫外分光光度法,测定 DNA0~ DNA13溶液及凝胶回收后的 DNAr0~
DNAr 13 在 260nm 处的吸收值,分别记为 A 。~A3 和 A~A 。
扣除吸光度空白后,用回收率公式计算 得出回收率 pi~Pi₃。

c) 重 复a)~b), 分别求得 b) 和 c) 中各片段的平均回收率D₁ ~D13。

d) 求回收率平均值p 作为该DNA Fragment 标准溶液的回收率。

e) 回收率p 计算见式(1):

style="width:2.73335in;height:0.6534in" /> …………………… (1)

式中:

Ax— 测得的回收的 DNA 溶液的吸光度;

Vx—— 切胶回收体积;

A 、——测得的 DNA 标准溶液吸光度;

V 、——电泳上样体积。

f) 以回收率p 。为纵坐标(%),DNA Fragment 为横坐标(单位 bp)
作图,得出不同大小DNA 片 段的回收率图。

7.5.2 不同 DNA 起始量的回收率测定

取800 bp (或100 bp~10000 bp 中典型片段的任意片段)DNA Fragment
溶液标准溶液0.5 μL 、 1μL 、2μL 、3μL 、5μL 、8μL
进行琼脂糖凝胶电泳(上样时确保避免损坏凝胶和样品无溢出)。电泳完
成后在紫外凝胶成像仪上观察DNA
条带的位置,分别用刀片切下各目的条带用于胶回收。回收步骤、

操作流程和试剂用量参照待测的胶回收试剂盒说明书进行。

测定和计算方法同7.5.1。以回收率为纵坐标(%),加样量为横坐标(单位μg)
作图,得出不同起始

GB/T 34794—2017

量 DNA 的回收率图。

7.6 回收片段范围

从7.5所得的不同大小DNA
片段的回收率图上,查出回收率大于或等于60%的最小片段与最大

片段即为可回收片段范围。

7.7 各指标要求

相关DNA 琼脂糖凝胶回收试剂盒技术指标要求建议,可参见附录 A。

GB/T 34794—2017

A

(资料性附录)

DNA 琼脂糖凝胶回收试剂盒技术指标要求

相 关 DNA 琼脂糖凝胶回收试剂盒技术指标要求见表 A.1。

A.1 DNA 回收试剂盒技术指标要求建议表

技术指标

PCR回收试剂盒

核苷酸去除试剂盒

胶回收试剂盒

柱子最大承载量

10 μg 10 μg 10 μg

柱子可承受最大重量

400 mg

最小洗脱体积

30 μL

30μL

30μL

最大容积

800μL

800μL

800 μL

典型回收率

≥85%

(500 bp~5.5 kb)

≥80%

(500 bp~5.5 kb)

≥70%

(500 bp~5.5 kb)

寡核苷酸17 mers~40 mers

0%

≥60%

10%~20%

延伸阅读

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